První písemná zmínka o masných krámech, dřevěném stavení s řeznickými krámky umístěném na současném náměstí Přemysla Otakara II., pochází z roku 1336. V roce 1364 nařídil Karel IV. tyto masné krámy z hygienických důvodů zbourat. Jako nejvhodnější místo pro zřízení další dřevěné stavby masných krámů pak byla vybrána Krajinská ulice, kde v té době žilo mnoho řeznických mistrů.
Základy současné zděné budovy bazilikového půdorysu pocházejí z 2. pol. 16. století. v postranních nižších halách se nacházely jednotlivé řeznické krámky, přístupné veřejnosti z prostřední vysoké haly a zvenčí pro zásobování. Západní renesanční průčelí s cimbuřím, střílnami na atice a vlastní štít tvořený tzv. vlaštovčími ocasy se dochovaly dodnes. Východní průčelí bylo přestavěno na počátku 30. let 19. století. Kamenný zdvojený renesanční portál je také původní.
Po vzniku nových městských jatek na Pražském předměstí v roce 1899 doznaly masné krámy mnoha změn, jak po stránce stavební, tak po stránce využití. Byly přeměněny na drobné krámky s nejrůznějším zbožím a postupně chátraly. Po roce 1945 se vážně uvažovalo i o demolici objektu. Nakonec byly masné krámy v roce 1953 přestavěny na restauraci Masné krámy podle projektu J. Fidry. Pro veřejnost byla restaurace Masné krámy slavnostně otevřena 1. října 1954.
Od té doby jsou Masné krámy proslulé pohostinností, dobrou kuchyní a především dokonale ošetřeným čepovaným pivem z pivovaru Budějovický Budvar.
V roce 2014 si českobudějovická restaurace Masné krámy připomíná dvě významná výročí. 13. února uplyne již 650 let od okamžiku, kdy císař Karel IV. nařídil původní masné krámy na dnešním náměstí Přemysla Otakara II. zbourat a přesunout do Krajinské ulice na místo, kde stojí dodnes. Restaurace Masné krámy pak byla pro veřejnost otevřena 1. října 1954, tedy před téměř 60 lety. V restauraci se vždy čepovalo výhradně pivo z pivovaru Budějovický Budvar.
Dnešní podobu získala restaurace během celkové rekonstrukce, která byla ukončena 5. prosince 2007. Projekt obnovy Masných krámů v sobě organicky propojil moderní gastronomické technologie s historií budovy, sahající až do 16. století.
Byl zachován původní půdorys baziliky. Hlavní loď lemují po obou stranách samostatné boxy k sezení. Dominantním prvkem hlavní lodi je výčep a bar – tepající srdce restaurace, odkud se rozlévá život do celého interiéru. Funkčním i výrazovým prvkem výčepu jsou nasvětlené měděné tanky v kóji za ním. Vpravo od vstupu je umístěna prostorná kóje vhodná především pro velké skupiny hostů, nalevo od vstupu je pak vyvýšené individuální posezení a také malý salonek. Celá zadní polovina restaurace je koncipována jako klidnější zóna, určená především k nerušenému posezení s přáteli.
Vybavení interiéru se podřizuje historickému duchu stavby. Žulová dlažba chodníkového charakteru v kombinaci s masivními dubovými palubkami tento dojem podtrhuje i díky osvětlení. To kombinuje přirozené světlo z Hroznové ulice a světlo z vnitřních svítidel vyrobených z tradičních materiálů – černého kovu a patinované mědi.
Sepětí s historií navozuje také ostatní vybavení interiéru. Veškeré zařízení je vyrobeno z přírodních materiálů, tedy dubového masivu, přírodní kůže, černého matného kovu a patinované mědi, vše v kvalitním řemeslném a technickém provedení. Do historických Masných krámů pronikly i moderní technologické prvky v podobě plazmových obrazovek a velkoplošné projekce s ozvučením v hlavní lodi.
Masné krámy mají kapacitu 200 návštěvníků.